{"id":4733,"date":"2024-03-06T19:55:28","date_gmt":"2024-03-06T18:55:28","guid":{"rendered":"https:\/\/secuah.web.uah.es\/2024\/?p=394"},"modified":"2024-03-06T19:55:28","modified_gmt":"2024-03-06T18:55:28","slug":"dianas-2024-13-1-e202403x020-r-hachimaru-etal-protocolo-opensource-simplificado-para-la-creacion-y-segmentacion-de-volumenes-3d-a-partir-de-imagenes-histologicas","status":"publish","type":"post","link":"https:\/\/dianas.web.uah.es\/journal\/dianas-2024-13-1-e202403x020-r-hachimaru-etal-protocolo-opensource-simplificado-para-la-creacion-y-segmentacion-de-volumenes-3d-a-partir-de-imagenes-histologicas\/","title":{"rendered":"dianas 13 (1) R.-Hachimaru etal 2024 Protocolo OpenSource simplificado para la creaci\u00f3n y segmentaci\u00f3n de vol\u00famenes 3D a partir de im\u00e1genes histol\u00f3gicas."},"content":{"rendered":"
\n

dianas 13(1)
<\/a> > R.-Hachimaru etal
<\/a><\/p>\n\n

dianas | Vol 13 Num 1 | marzo 2024 | e202403x020
<\/p>\n\n

Yan R. Hachimaru, M\u00f3nica Grande-Alonso, Alba Sebasti\u00e1n-Mart\u00edn, Fernando Argudo-Carrasco, Lorenzo Mauricio Hern\u00e1ndez Fern\u00e1ndez, Rafael Moreno-G\u00f3mez-Toledano<\/p>\n\n

Universidad de Alcal\u00e1.
<\/p>\n\n

a<\/b>
. <\/b>yanrh80@gmail.com  b<\/b>
. <\/b>rafael.moreno@uah.es<\/p>\n\n

IX Congreso de Se\u00f1alizaci\u00f3n Celular, SECUAH 2024.

\nXVIII Simposio de Dianas Terap\u00e9uticas.

\n18 a 22 de marzo, 2024. Universidad de Alcal\u00e1. Alcal\u00e1 de Henares, Madrid. Espa\u00f1a.
<\/p>\n\n

Resumen<\/p>\n

En la presente comunicaci\u00f3n, se ha abordado una notable deficiencia en el \u00e1mbito cient\u00edfico, espec\u00edficamente en la elaboraci\u00f3n de modelos 3D a partir de datos histol\u00f3gicos. A pesar de la disponibilidad de extensos recursos de preparaciones histol\u00f3gicas en bases de datos como el Center for In Vivo Microscopy (CIVM) o HuDeca, se carece de herramientas y protocolos de c\u00f3digo abierto para el procesado de esta informaci\u00f3n en las tres dimensiones.
La premisa central de este estudio radica en la presentaci\u00f3n de un protocolo generalizado de c\u00f3digo abierto que hace uso de herramientas como FIJI, Slicer3D y MeshLab para transformar im\u00e1genes histol\u00f3gicas en archivos tridimensionales en formato .stl (Standard Triangle Language). Este enfoque facilita la impresi\u00f3n 3D y la visualizaci\u00f3n tridimensional de datos cl\u00e1sicamente bidimensionales, lo que constituye una oportunidad significativa para mejorar la transmisi\u00f3n de conocimientos en \u00e1mbitos cl\u00ednicos, de investigaci\u00f3n y de ense\u00f1anza.
Con el prop\u00f3sito de ilustrar este proceso, se ofrece un ejemplo pr\u00e1ctico utilizando las muestras histol\u00f3gicas de embriones preparadas por De Bakker et al. (Reprod. Toxicol. 2012; 34: 225). Se describi\u00f3 un protocolo de varias etapas para transformar los cortes histol\u00f3gicos, en un modelo 3D de un embri\u00f3n completo; iniciadas con la exportaci\u00f3n de archivos .am a .tiff mediante FIJI, seguidas por la conversi\u00f3n a .nrrd con este mismo software, y concluidas en la generaci\u00f3n de archivos .stl utilizando Slicer3D. Posteriormente, se emple\u00f3 MeshLab para simplificar la topolog\u00eda del modelo resultante, facilitando as\u00ed su almacenamiento, intercambio y posterior impresi\u00f3n.
Este enfoque no solo proporciona un flujo de trabajo fundamental para la generaci\u00f3n de modelos tridimensionales a partir de datos histol\u00f3gicos comunes y disponibles, sino que tambi\u00e9n sugiere la posibilidad de desarrollar herramientas adicionales que simplifiquen a\u00fan m\u00e1s la comunicaci\u00f3n de conocimientos cient\u00edficos de manera abierta y accesible.
Los resultados preliminares de la presente comunicaci\u00f3n abren nuevas posibilidades en cuanto a la visualizaci\u00f3n de datos cl\u00ednicos y de investigaci\u00f3n b\u00e1sica, representando un avance cualitativo y cuantitativo hacia la innovaci\u00f3n docente, con especial \u00e9nfasis en \u00e1reas de conocimiento relacionadas con la representaci\u00f3n tridimensional, como la anatom\u00eda y la embriolog\u00eda.
<\/p>\n\n

\n<\/div>\n\n<\/div>\n\n","protected":false},"excerpt":{"rendered":"","protected":false},"author":1,"featured_media":0,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"footnotes":""},"categories":[102,5,8,72,103,74,64],"tags":[],"class_list":["post-4733","post","type-post","status-publish","format-standard","hentry","category-_2024_4a","category-article","category-comunicacion-oral","category-dianas-vol-13-num-1","category-modelos-3d","category-secuah-2024","category-vols-10-19"],"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/dianas.web.uah.es\/journal\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4733","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/dianas.web.uah.es\/journal\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/dianas.web.uah.es\/journal\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/dianas.web.uah.es\/journal\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/dianas.web.uah.es\/journal\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=4733"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/dianas.web.uah.es\/journal\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/4733\/revisions"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/dianas.web.uah.es\/journal\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=4733"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/dianas.web.uah.es\/journal\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=4733"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/dianas.web.uah.es\/journal\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=4733"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}