dianas 13(1) > R.-Hachimaru etal

dianas | Vol 13 Num 1 | marzo 2024 | e202403x020

Protocolo OpenSource simplificado para la creación y segmentación de volúmenes 3D a partir de imágenes histológicas.

Yan R. Hachimaru^a, Mónica Grande-Alonso, Alba Sebastián-Martín, Fernando Argudo-Carrasco, Lorenzo Mauricio Hernández Fernández, Rafael Moreno-Gómez-Toledano^b

Universidad de Alcalá.

a. yanrh80@gmail.com  b. rafael.moreno@uah.es

IX Congreso de Señalización Celular, SECUAH 2024.
XVIII Simposio de Dianas Terapéuticas.
18 a 22 de marzo, 2024. Universidad de Alcalá. Alcalá de Henares, Madrid. España.

Palabras clave: Anatomía; Cirugía; 3D; Enseñanza

Resumen

En la presente comunicación, se ha abordado una notable deficiencia en el ámbito científico, específicamente en la elaboración de modelos 3D a partir de datos histológicos. A pesar de la disponibilidad de extensos recursos de preparaciones histológicas en bases de datos como el Center for In Vivo Microscopy (CIVM) o HuDeca, se carece de herramientas y protocolos de código abierto para el procesado de esta información en las tres dimensiones.
La premisa central de este estudio radica en la presentación de un protocolo generalizado de código abierto que hace uso de herramientas como FIJI, Slicer3D y MeshLab para transformar imágenes histológicas en archivos tridimensionales en formato .stl (Standard Triangle Language). Este enfoque facilita la impresión 3D y la visualización tridimensional de datos clásicamente bidimensionales, lo que constituye una oportunidad significativa para mejorar la transmisión de conocimientos en ámbitos clínicos, de investigación y de enseñanza.
Con el propósito de ilustrar este proceso, se ofrece un ejemplo práctico utilizando las muestras histológicas de embriones preparadas por De Bakker et al. (Reprod. Toxicol. 2012; 34: 225). Se describió un protocolo de varias etapas para transformar los cortes histológicos, en un modelo 3D de un embrión completo; iniciadas con la exportación de archivos .am a .tiff mediante FIJI, seguidas por la conversión a .nrrd con este mismo software, y concluidas en la generación de archivos .stl utilizando Slicer3D. Posteriormente, se empleó MeshLab para simplificar la topología del modelo resultante, facilitando así su almacenamiento, intercambio y posterior impresión.
Este enfoque no solo proporciona un flujo de trabajo fundamental para la generación de modelos tridimensionales a partir de datos histológicos comunes y disponibles, sino que también sugiere la posibilidad de desarrollar herramientas adicionales que simplifiquen aún más la comunicación de conocimientos científicos de manera abierta y accesible.
Los resultados preliminares de la presente comunicación abren nuevas posibilidades en cuanto a la visualización de datos clínicos y de investigación básica, representando un avance cualitativo y cuantitativo hacia la innovación docente, con especial énfasis en áreas de conocimiento relacionadas con la representación tridimensional, como la anatomía y la embriología.