dianas 12(2) > Escobar-Pausa y Palacios-Zambrano

dianas | Vol 12 Num 2 | septiembre 2023 | e202309fa03

La secuenciación de nueva generación como herramienta diagnóstica, pronóstica y predictiva en la oncología de precisión.

Daniela Escobar Pausa^1, 2, a, Sara Palacios Zambrano²

1. Unidad de Bioquímica y Biología Molecular, Departamento de Biología de Sistemas, Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud, Universidad de Alcalá, 28871 Alcalá de Henares, Madrid, España.  2. Departamento de Anatomía Patológica-Laboratorio de Dianas Terapéuticas LDT, Hospital Universitario HM Sanchinarro, 28050, Madrid, España.

a. daniela.escobar.ep@gmail.com

Palabras clave: cáncer; oncología de precisión; NGS; secuenciación dirigida; variante genética; diana terapéutica

Resumen

El cáncer sigue siendo una de las principales causas de muerte en todo el mundo. Con la revolución en las técnicas moleculares y el inicio de la era de la secuenciación de nueva generación o NGS, el manejo del paciente oncológico se ha transformado enormemente y la oncología de precisión, impulsada en gran parte por la implementación de estas técnicas a la práctica clínica, es ya una realidad. El diagnóstico molecular y las pruebas genómicas permiten que el manejo clínico se adapte a cada paciente en función de las alteraciones moleculares presentes en las células tumorales. Así, estas técnicas se pueden aplicar para detectar biomarcadores o dianas que permitan clasificar distintos tumores, predecir el pronóstico y/o guiar las decisiones terapéuticas. La NGS ha revolucionado el campo de la genómica del cáncer al proporcionar una secuenciación rápida de grandes regiones del genoma, permitiendo identificar variantes genéticas potencialmente relevantes a nivel clínico. Sin embargo, aún existen algunas limitaciones para implementarla de manera eficiente a la práctica clínica de rutina, como la sensibilidad analítica, áreas del genoma que son difíciles de secuenciar o analizar o poseer el conocimiento necesario para interpretar la gran cantidad de resultados que se pueden generar. Este trabajo tiene por objetivo resaltar la importancia de las técnicas de biología molecular, y en concreto la NGS, en el ámbito de la oncología, así como mostrar la realidad de la práctica clínica en el Laboratorio de Dianas Terapéuticas del Hospital Universitario HM Sanchinarro. Para ello se exponen diferentes casos de pacientes oncológicos que se han podido beneficiar de algunas de las aplicaciones de la secuenciación dirigida empleando paneles de genes específicos.

dianas 12(2) > Díez-Silgo etal

dianas | Vol 12 Num 2 | septiembre 2023 | e202309fa02

Estudio de la expresión diferencial génica al eliminar CD44 en células no pequeñas de cáncer de pulmón.

Laura Díez Silgo, Magdalena Abraham Molero, Jon Zugazagoitia Fraile

1. Unidad de Bioquímica y Biología Molecular, Departamento de Biología de Sistemas, Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud, Universidad de Alcalá, 28871 Alcalá de Henares, Madrid, España.  2. Grupo de Investigación en Microambiente Tumoral e Inmunoterapia. Instituto de Investigación Hospital Universitario 12 de Octubre, Madrid.  3. Departamento de Oncología Médica. Hospital Universitario 12 de Octubre, Madrid.

a. lauradiezsilgo@gmail.com

Palabras clave: CD44, CPCNP, biomarcador, PD-1, PD-L1, expresión génica, inmunoterapia

Resumen

CD44 es una glicoproteína de membrana que se encuentra sobre expresada en ciertos cánceres y que se ve implicada en varios mecanismos tumorales como la transición epitelio mesénquima (EMT), metástasis, resistencia a apoptosis y supresión de la respuesta inmune antitumoral. En el estudio realizado por Moutafi, Molero et al se describió que las células del compartimento tumoral que expresaban más CD44 correspondían a pacientes que presentaban una mayor supervivencia libre de progresión tras el bloqueo del eje PD-1, sugiriendo que CD44 podría ser un posible biomarcador. Gracias a estos hallazgos, surge la necesidad de investigar la relación que tiene la alta expresión de CD44 al bloquear el eje PD1/PD-L1. Por ello, se ha diseñado este estudio, donde se ha realizado un análisis de la expresión génica diferencial en una línea celular de cáncer de pulmón (CPCNP), H520, en la que previamente se le había eliminado CD44 por métodos genéticos utilizando la tecnología CRISPR/Cas9 y donde se observó una disminución de expresión génica de algunos genes implicados en la vía de señalización de IFNγ, como CD274, IRF1 y IFNGR2. Se validó por citometría de flujo que la expresión proteica de CD44 y PDL1 correspondían con los datos obtenidos de expresión génica.

dianas 12(2) > Bradshaw-Bernacchi etal

dianas | Vol 12 Num 2 | septiembre 2023 | e202309fa01

Caracterización de la mutación C9ORF72 asociada a la esclerosis lateral amiotrófica familiar en linfoblastos derivados de pacientes

James Kevin Bradshaw Bernacchi, Maria de Gracia Porras Franco, Ana Martínez

1. Unidad de Bioquímica y Biología Molecular, Departamento de Biología de Sistemas, Facultad de Medicina y Ciencias de la Salud, Universidad de Alcalá, 28871 Alcalá de Henares, Madrid, España.  2. Grupo de Química Médica y Biología Traslacional, Centro de Investigaciones Biológicas Margarita Salas del Consejo Superior de Investigaciones Científicas, 28040, Madrid, España.

a. james.k.bradshaw@outlook.com  b. graciapf@cib.csic.es  c. ana.martinez@csic.es

Palabras clave: esclerosis lateral amiotrófica; ELA; TDP-43; C9ORF72; linfoblastos; p62

Resumen

El objetivo de este estudio es caracterizar los mecanismos fisiopatológicos de la esclerosis lateral amiotrófica (ELA) en linfocitos inmortalizados de pacientes diagnosticados con la mutación de repetición del hexanucleótido (HRE) del gen C9ORF72. Concretamente, se desea observar la presencia o no de agregados de TDP-43 en el citoplasma de estos linfoblastos, ya que se considera un distintivo de la ELA familiar y esporádica. Además, se analizarán otras proteínas, especialmente p62, y la expresión de genes proinflamatorios como IL-1β, IL-6 y TNFα. La muestra de sangre de los pacientes de los cuales derivan los linfoblastos se extrajo en su segunda visita tras el diagnóstico de ELA y se confirmó la presencia de la mutación en C9ORF72. Todos los resultados se compararon frente a controles presuntamente libres de enfermedades neurodegenerativas. Los resultados indican que los pacientes no padecen acumulación citoplasmática ni agregación de TDP-43. Sin embargo, se ha observado la acumulación de p62 en la fracción insoluble de los lisados celulares, lo cual podría suponer la presencia de inclusiones de repeticiones de dipéptidos (DPRs) positivos en p62 y negativos en TDP-43, y/o una alteración de la autofagia. Además, los linfoblastos de pacientes son más resistentes a las condiciones de ayuno prolongado y generan menos especies reactivas de oxígeno que los controles. Por último, la expresión de ARNm de IL-1β, conocida por inducir neuroinflamación en la microglía de pacientes con ELA, está considerablemente aumentada respecto a los controles. Todos estos resultados podrían ayudar a descifrar los mecanismos patológicos de la ELA asociada a la mutación en el HRE de C9ORF72, permitiendo un futuro tratamiento personalizado centrado en esta mutación o en los estadios menos tardíos de la enfermedad.