dianas 7(1) > Bravo etal

dianas | Vol 7 Num 1 | marzo 2018 | e201803b41

Modificaciones conformacionales en varios dominios de LiEndoG dan lugar a cambios significativos en la regulación de su actividad nucleasa

Ana Bravo^1, a, Cristina Oliva², Pedro Sánchez-Murcia¹, Eva Rico², Margarita Menéndez³, Federico Gago¹, Antonio. Jiménez-Ruiz²

1. Departamento de Ciencias Biomédicas y "Unidad Asociada IQM-CSIC", Universidad de Alcalá, E-28805 Alcalá de Henares, Madrid, España.  2. Departamento de Biología de Sistemas, Universidad de Alcalá, E-28805 Alcalá de Henares, Madrid, España.  3. Instituto de Química Física Rocasolano, Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), E-28006 Madrid, España.

a. ana.bravog@uah.es; tel: +34 918 854 514

III Congreso de Señalización Celular, SECUAH 2018.
20-22 de marzo, 2018. Universidad de Alcalá. Alcalá de Henares, Madrid. España.
Sesión B4 - Química Biológica

Palabras clave: Leishmania infantum; endonucleasa G; modelado molecular; muerte celular programada.

Resumen

El parásito Leishmania infantum expresa una endonucleasa G mitocondrial (LiEndoG) que se encuentra altamente conservada en los organismos eucariotas. Se sabe que LiEndoG participa en el proceso de muerte celular programada, migrando desde la mitocondria al núcleo celular con el fin de degradar activamente el ADN genómico [1]. Al mismo tiempo, la presencia de esta enzima parece ser fundamental para un desarrollo normal del parásito [2]. Con el fin de caracterizar el papel dual de LiEndoG, nos hemos centrado en las características que hacen de ella una enzima única, en concreto, en el estudio de cuatro dominios presentes en su estructura y que no se encuentran en otras EndoGs. Ante la carencia de una estructura cristalográfica, realizamos un modelo de la proteína completa. En él, se visualiza a LiEndoG como un homodímero cuyos sitios de corte se encuentran en lugares opuestos de la interfaz de dimerización. El análisis pormenorizado de este modelo nos permitió asignar una función a cada uno de los citados dominios, siendo capaces de validar experimentalmente el cometido de dos de ellos, y nos ayudó a entender (i) el motivo por el cual LiEndoG contiene una secuencia SRGH en su sitio activo en lugar del canónico DRGH que presentan la mayoría de los miembros de la familia a la que pertenece, (ii) la preferencia de corte de esta enzima por el ADN de cadena sencilla y (iii) cómo LiEndoG estará probablemente participando, como parte de algún complejo proteico, en procesos relacionados con la replicación, recombinación y/o reparación del ADN.

1. Rico, E., Alzate, J.F., Arias, A.A., Moreno, D., Clos, J., Gago, F., Moreno, I., Domínguez, M. and Jiménez-Ruiz, A. 2009. Leishmania infantum expresses a mitochondrial nuclease homologous to EndoG that migrates to the nucleus in response to an apoptotic stimulus. Molecular and Biochemical Parasitology, 163, 28-38.


2. Rico, E., Oliva, C., Gutierrez, K.J., Alzate, J.F., Genes, C.M., Moreno, D., Casanova, E., Gigante, A., Pérez-Pérez, M.-J., Camarasa, M.-J. et al. 2014. Leishmania infantum EndoG Is an endo/exo-nuclease essential for parasite survival. PLoS ONE, 9, e89526.

 

dianas 7(1) > Albarrán etal

dianas | Vol 7 Num 1 | marzo 2018 | e201803b42

Caracterización del comportamiento de unión cinética de inhibidores de CDK8/CDK19 optimizados con un buen perfil bioquímico, celular y ADME-T.

María Isabel Albarrán, Elena Hernández-Encinas, Jennifer García, Adrián Amezquita, Ana Isabel Hernández, Cristina Gómez de la Oliva, Sonia Martínez, Joaquín Pastor, Carmen Blanco-Aparicio

CNIO.

a. mialbarran@cnio.es

III Congreso de Señalización Celular, SECUAH 2018.
20-22 de marzo, 2018. Universidad de Alcalá. Alcalá de Henares, Madrid. España.
Sesión B4 - Química Biológica

Resumen

CDK8 y su parálogo CDK19 son quinasas dependientes de ciclina y junto con CDK7 y CDK9 pertenece al grupo de quinasas de dominio C terminal (CTD) que fosforilan el CTD de ARN polimerasa II, regulando así la transcripción. Varios estudios mostraron que una alta sobreexpresión y actividad de CDK8 podría producir una progresión maligna en cáncer colorrectal y cáncer gástrico donde CDK8 es un marcador de mal pronóstico. Recientemente, la amplificación génica de CDK8, CDK19, CCNC y MED13 en cáncer de mama se ha relacionado con una respuesta pobre a la terapia adyuvante. Estos resultados sugieren que los inhibidores de CDK8 pueden convertirse en una clase única de fármacos anticancerosos que podrían aumentar la eficacia de las terapias antitumorales. Para la identificación de inhibidores de CDK8/CDK19 llevamos a cabo una campaña de secreening seguida de una fase de “Hit generation,” mediante diseño racional de fármacos, generando una nueva serie química de inhibidores de CDK8 / 19. Después de llevar a cabo las diferentes etapas del desarrollo de fármacos hemos seleccionado una serie de compuestos con buen perfil bioquímico, celular y de ADMET para caracterizar su comportamiento de unión cinética y determinar las constantes cinéticas de Kon/Koff y el tiempo de residencia. La integración de estos parámetros en los procesos de priorización de moléculas avanzadas, aporta una dimensión adicional más relacionada con la dinámica de interacción enzima inhibidor y los cambios dependientes del tiempo, aportando información al perfil de los compuestos seleccionados más allá que la determinación de los parámetros clásicos (IC50, Kd).

dianas 7(1) > Sánchez-Milla etal

dianas | Vol 7 Num 1 | marzo 2018 | e201803b43

Efecto del grupo funcional en dendrímeros carbosilanos para trasportar siRNAs.

María Sánchez-Milla, Isabel Pastor, Marek Maly, María Jesús Serranía, Rafael Gómez, Javier Sánchez-Nieves, Feliz Ritort, María Ángeles Muñoz-Fernández, Javier de la Mata

Universidad de Alcalá.

a. marias_9108@hotmail.com

III Congreso de Señalización Celular, SECUAH 2018.
20-22 de marzo, 2018. Universidad de Alcalá. Alcalá de Henares, Madrid. España.
Sesión B4 - Química Biológica

Resumen

Los dendrímeros son macromoléculas con un tamaño y masa molecular perfectamente definidos y que permiten concentrar un gran número de grupos funcionales en su superficie, lo que les dota de unas propiedades particulares y específicas, que permite su aplicación en diferentes campos, entre ellos y de una forma muy destacada en biomedicina. Dentro de estas aplicaciones, los dendrímeros catiónicos han sido utilizados, por ejemplo en el transporte de ácidos nucleicos para procesos de terapia génica [1]. Los dendrímeros forman nanoconjugados con pequeños ARN de interferencia (siARN) protegiéndolos de las enzimas de degradación y ayudando a este material génico a entrar al interior celular. En este trabajo se describe la síntesis de dendrímeros catiónicos, donde la carga positiva ha sido desplazada hacia el interior del esqueleto dendrítico y la superficie se ha funcionalizado con grupos hidróxido para estudiar cómo afecta a la capacidad de transporte de ácidos nucleicos y a la toxicidad de estos sistemas. Para los estudios del transporte de ácidos nucleicos fue elegido el siARN-Nef, el cual es un ARN de interferencia que evitaría de replicación del virus de inmunodeficienca humana (VIH), causante del SIDA. [4] Se eligió este ARN ya que el SIDA es una enfermedad con 35,3 millones de personas infectadas en todo el mundo, produciéndose en el año 2012 2,3 millones de nuevas infecciones, y 1,6 millones de muertes por causas asociadas a este síndrome. Además, los tratamientos actuales no son capaces de eliminar por completo los reservorios virales en el organismo y existe un número elevado de efectos secundarios. Los estudios muestran que el desplazamiento de la carga positiva hacia el interior del esqueleto dendrítico en los nuevos dendrímeros sintetizados les lleva a formar nanoconjugados más lábiles, facilitando su posterior liberación a lo largo del tiempo, lo que podría permitir que el siARN pudiera realizar la función para la que ha sido diseñado de una manera más eficiente. Los resultados experimentales obtenidos han sido avalados también por un estudio de simulación computacional y estudios con pinzas ópticas.